EC-CUBEには関係の無いJavaScript、JQueryの扱いに関するご質問のようなので、
それらに関するコミュニティなどで相談された方が適切な答えが得られると思います。

とりあえず、ざっと見た限りliタグが無いのにスクリプトで指定しているなど基本的な
動作原理を把握せず，不用意にスクリプト部分をカスタマイズしている為に、親子関係
等が適切に得られず，期待された動作をしていないかと思います。
JQueryのselecter周りと、実際に生成するコードとの関係を見直すと良いのでは無いか
と思います。

また下記も一読されて質問されると良いと思います
http://xoops.ec-cube.net/modules/tinyd0/index.php?id=8

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