引用：
「新着順」のデフォルト（カスタマイズしない初期状態）のことを仰っているのか、
商品一覧ページを最初に表示した初期状態のことを「デフォルト」と仰っているのか、
文章から判断がつけにくいです。

前者であれば、新着順のデフォルトは、商品登録日(create_date)順です。
商品IDを引っ張ってきてるわけではないと思います。
EC-CUBE 2.4.4の場合、data/class/pages/products/LC_Page_Products_List.php の493行目付近に記述があります。

後者であれば、デフォルトでは 管理画面 ＞ 商品管理 ＞ 商品並び替え で行った順番が、
商品一覧にも反映されるはずです。
EC-CUBE 2.4.4の場合、data/class/pages/products/LC_Page_Products_List.php の498行目付近に記述があります。

引用：
これを読む限り、商品一覧ページを表示した初期状態は、商品並べ替えで設定している順番で並んでいないということですよね。
初期状態は、現在どのような順番で並んでいますか？