main_frame.tplの</head>の直前には

<script type="text/javascript" src="<!--{$smarty.const.ROOT_URLPATH}-->user_data/packages/default/js/ckeditor/ckeditor.js"></script>
としました。(smartyの使い方としては正しくないかもしれません。)

その他はこれまでの説明と同じように、設置したいテンプレートファイルのtextareaに　class="ckeditor"　を追加しただけで表示されました。

なので、一度　main_frame.tpl　を修正してみてください。

動作確認環境
EC-CUBE] 2.11.1
[レンタルサーバ] さくらスタンダード
OS名 FreeBSD
[PHP] PHP5.2.17
[データベース]MySql 5.1

関係あるかどうか分かりませんが
コントロールパネル内の　php.ini の設定内容
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# 基本は SC_Initial.php で設定するが、ini_setで反映されないものはここで設定する

php_value mbstring.language Japanese
php_flag mbstring.encoding_translation off
php_value output_handler NULL
php_flag magic_quotes_gpc off
php_flag session.auto_start 0

# INI_ALL なのにもかかわらず, ini_set で指定しても反映されない環境がある...
php_value mbstring.internal_encoding UTF-8

# デフォルトテンプレートの状態で 2M 近くになるため
php_value upload_max_filesize 5M
#php_value post_max_size 8M
php_flag register_globals off
magic_quotes_gpc = Off
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