JavascriptをHTMLに埋め込みたいのか、外部のjsファイルを参照して使いたいのか分りませんが・・・

まず許可タグを追加する通常の方法は、
システム設定→マスターデータ管理→mtb_allowed_tag
に該当するタグを追加することで可能です。
（Ver2.4.4ではscriptタグはコレだけじゃできなかったけど・・・、Ver2.11.Xは試してないので知りません。）

また、
＞data/Smarty/templates_c/admin/%%2A^2AB^2AB93D92%%product.tpl.php
上記は、ただのキャッシュファイルです。
本物は、data/Smarty/templates\admin/products/product.tplの方です。

そちらを見てなにをやっているのかわからないと言うのであれば、PHP Smartyを勉強することからはじめると良いと思います。