こんばんわ。

phpmyadminはバージョンによって、アイコンの位置や操作方法が異なる為、
文章だけでは説明が難しいと思います。

dtb_orderテーブルの
order_idにauto_incrementをセットするのであれば、
phpmyadminで以下のSQLを実行すれば、設定できると思います。

ALTER TABLE `dtb_order` CHANGE `order_id` `order_id` INT( 11 ) NOT NULL AUTO_INCREMENT;

SQLの実行の操作ですが、
EC-CUBEのデータベースを選択して、画面上部のタブ（表示、構造、SQL、検索、挿入・・・と並んでいると思います）の
SQLをクリック。
↓
データベース*****(EC-CUBEのデータベース名)上でクエリを実行すると表示されているエリアのテキストボックスに
SQLを入力して、実行ボタン(エリアの右下にある)をクリック。
↓
SQLの実行が成功すると、「SQL は正常に実行されました 」メッセージが表示される。

以上になります。
phpmyadminのバージョンによりタブの文言やボタンの位置が違うかと思いますが、
SQLを実行する機能は、必ずあると思います。

あと、データベースの構造を変更する事になりますので、
作業前には、万が一の事を考えて、データベースのバックアップされる事をお勧めします。