Ver2.11では、dtb_customer.customer_id には auto_increment は設定されていないんですね。
勉強不足で申し訳ありません。
ソースだけから判断すると、dtb_customer_customer_id_seq[TBL]に auto_increment が設定されていて、そこに空データを Install し 'SELECT LAST_INSERT_ID()' で auto_increment の値を取得しているんですね。
SC_Helper_Customer.php で dtb_customer_customer_id_seq[TBL] の nextVal と dtb_customer[TBL] への Insert をしているので、間にDebug文＋Exit を追加して、処理がどこまで正常かを見ていくしかないかなぁ？
もはやInsert２回やってない？くらいの発想しかでてきません。

ホント、勉強不足で申し訳ありません。
かき回しただけで終わった…かも。すみません。