ご返信ありがとうございます！
税額を0％にして、価格に税込金額をそのまま入力しているので、$results['subtotal']-$results['subtotal_muryou']は一致します。

商品ごとの送料設定は有効にしています。

送料無料にしたい商品の送料を0円にすると、全ての商品が送料0円になってしまいました。空白も0と認識しているのかな？と思い、
無料にしたい商品の送料を1円にすると、
foreachのif ($item['productsClass']['deliv_fee'] == 1)
のところが無視され、送料0円にならず、合計金額ごとの送料が表示されてしまいます。

ここでゆき詰まってしまっております。。