引用：

商品マスタで最初に在庫を無制限に設定しても、規格登録をその後にしたときに、規格毎の在庫が優先されます。

一回規格を設定すると、商品マスタでは在庫を登録出来なくなるはずです（商品マスタの編集画面には表示されないはず）。

その上で「規格毎の在庫が存在するのにカート投入で在庫切れと出る」という挙動は通常では発生しないと思います。

何かカート投入関連でカスタマイズしたりしていませんか？

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