解決策の一つは、/html/.htaccess というファイルに

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(ドメイン\.co\.jp)(:80)? [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.ドメイン.co.jp/$1 [R=301,L]

（↑これはwww無しのアクセスを強制的にwwwありに変更する例）

などの記述をすることで、www有無のどちらかに遷移させる方法ですが、EC-CUBEの管理画面からの操作ではおそらくできないと思われます。

FTPクライアントなどを経由して、/html/ディレクトリ直下に置かれている上記ファイルに、必要な記述を施すことで実装できます。

しかしこのファイルの変更はWebサーバーの設定を一部書き換える行為ですので、その変更のリスクを十分ご理解いただいた上で、ご自分のリスクで実行してください。
（※設定が正しくないとページの表示が出来なくなる可能性があります）

「.htaccess RewriteRule」などでググれば関連情報はたくさん出てくると思います。