自己レスです。

無事解決しました！

downloads/module/mdl_epsilonのcard.phpとconvenience.phpの
送信データ生成の部分を下記のように変更しました。

変更前(card.php→96行目付近、convenience.php→93行目付近）
// 送信データ生成
$item_name = $arrMainProduct["name"] . "×" . $arrMainProduct["quantity"] . "個 (代表)";

変更後
// 送信データ生成
$item_name = substr($arrMainProduct["name"], 0, 50) . "×" . $arrMainProduct["quantity"] . "個 (代表)";

注文個数も表示させたかったため上記のようにしてますが、個数を重要視しないのであれば下記のようにしてもよさそうです。

変更後
// 送信データ生成
$item_name = $arrMainProduct["name"] . "×" . $arrMainProduct["quantity"] . "個 (代表)";
$item_name = substr($item_name, 0, 64);

あまりPHPの知識に明るくない為、関数をネットで検索しながら書き換えたので、方法的に正しいかは分かりませんが、これで一応イプシロン上では商品名が長くてもきちんと処理してもらえました。
もちろんEC-CUBE上でもきちんと受注として処理されます。

方法的によくない等の意見がありましたら是非宜しくお願い致します。