だめもとで、数値をいじってみたところ、良い感じになりました。

まとめ
torataroさんより教えていただいたdata/module/fpdf/japanese.phpファイルの
$SJIS_widths = array(' '=>278,からは始まる部分の
'_'=>306,　→　'_'=>700,
'.'=>219,　→　'.'=>400,
':'=>219,　→　':'=>400,
'w'=>760,　→　'w'=>600,
と修正したところ、良い感じにおさまりました。

アドバイスをいただいたみなさまありがとうございました。