EC-CUBEのバージョンはいくつでしょうか？
また、OS、PHP、WEBサーバ、データベース（MySQLかPostgresql）のバージョン、レンタルサーバであればどこのサーバーかなども書いていただいた方が良いです。

管理画面から商品CSVをダウンロードしたうえで、管理画面からアップされたということでよろしいですね？
、
当方のテストサーバのEC-CUBE2.12.1で管理画面からテストしましたが、うまくいっています。

価格には"通常価格"と"販売価格"がありますが、両方変更されましたか？
少なくとも販売価格を修正する必要があります。

エクセルだけで作業するとCSVが不正になる場合がります。
1.エクセルで編集したうえでxlsで保存
2.xlsファイルをオープンオフィスのCALCで開いてCSVで保存。
とした方がCSVは正しいものになります。

PS.
EC-CUBEの場合商品CSVの書き出しはSJISで行われますので、SJISで作業、アップロードで構いません。

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Norihiro Maruoka
Wear Net