ちょっと、根本的な解決策になるかどうかはわからないのですが、管理画面の方から修正して更新しても同じ現象が起こるのでしょうか？

tplファイルをftp等でアップした時だけに起こるのでしょうか？

ftp等でアップしている時だけに起こるのでしたら、ファイルの更新日時の問題の可能性もあるのかなと思ったのですが。それは、無いですよね？

うーん、サーバー側の何か不具合なのでしょうか？通常では、こういうことはやっぱり無いですよね。