dondon様

すみません、karin様の仰るとおり、テンプレートの変更だけでいけますね･･･。
管理画面のデザイン管理から行なえる方法を書いてみます。

商品検索ブロックテンプレートの中段あたりに下記のような記述があるかと思います。



ここの<select>タグの内部を親カテゴリか子カテゴリかでフォントを変える処理を入れることになるかと思います。
現在は全てのカテゴリを一括で

<!--{html_options options=$arrCatList selected=$category_id}-->
このようにSmartyの機能を使って出力してしまっていますが、

sectionやforeach文を使い個々のカテゴリが親か子かという判別処理で書き換える必要があります。