はじめまして！

デザイン管理内のデザイン詳細では、
主に「サイトの見た目」をhtmlタグを用いて作成する画面となっております。
css管理についてはデザイン管理→css管理で作成します。

ですが、質問文を拝見する限り、質問者様が想定されているのは、phpをカスタマイズして
サイトの機能を追加することだと考えています。

本格的な構築をするのであれば、
phpファイルやtplファイル(Smarty)などを変更しなければいけません。

「eccube カスタマイズ」などで検索していただければ、
phpやtplを用いたプログラムの開発について、情報が出ていると思います。

urlの拡張子に関しては、htmlディレクトリ直下のphpファイルを参照しているので、
.phpになります。

まだ、自分もeccubeを初めて1年ほどなので、お互い頑張ってサイトの構築
をしていきましょう！