すみません。追加です。
EC-CUBEではないですが、PHPを使ってメールを送信した時にエラーで戻ってくるという事例がネットに掲載されていました。

やはり今回のプログラムの変更のように、mail()関数の５番目の引数（設定値）に
-fmail@example.com
のように-f + メールアドレスを設定して問題を回避しているようです。

※URL
メールサーバはメールヘッダを頼りとして配送先を知るのではない
http://canalize.jp/archives/007065.php

そして、この対策をとるときにはあわせて、
「trusted userを追加する」
対策を施す必要があるようです。

※URL
Trusted Userを追加する
http://www.wikihouse.com/1yen/index.php?UNIX%2FSendMail#content_1_16
ページの下から2番目の項目に従ってください。

プログラムやネットワークの知識がある人でないと読み解くのは難しいかもしれません。
作業量自体は大したことはありませんので、理解が難しい場合は専門家に相談してみて下さい。