FTPでのファイル転送方法などをご理解されているようでしたら、
対応できるのではないかと思いますので、不明なところをご質問ください。

そうでない場合は、やはり業者様にご依頼頂いた方がよいと思います。

また、今回の事象は突然発生したとは考えにくく、
サイト公開当初からの問題が、最近発覚しただけなのでは？
と思われます。