解決しました。自己レスです。

状況説明の中で落としていたものがありました。
データを移行したあと、商品管理＞商品登録CSVで商品データCSVを登録していました。

今回のトラブルが出たのがモジュールによるデータ移行直後なのか、CSV登録の後なのかは不明なのですが。。

プルダウン表示がおかしくなる商品を管理画面で再登録してみたところ、正常に表示されました。。
お騒がせしました。。

ご報告まで。