ご考慮済みかもしれませんが、 10年という期間になると、 OSやデータベース、 PHP のバージョンアップも視野に入れたほうが良いかと思います。

PHP5.3系はサポート終了してますし、MySQL5.0は2012年にサポート終了しています。
RHEL6は2020年までサポートされますが、10年というサイクルを考えると途中でOSやPHP、データベースなどのバージョンアップを視野に入れた方がいいかもしれません。

当方が携わっているEC-CUBE案件で一番古いものは version 0.9.6ベースで8年目になります。
新バージョンのEC-CUBEへバージョンアップはせず、必要な機能のみカスタマイズしています。