seasoft様、nanasess様、
お教えいただきましてありがとうございます。

スクラッチ開発をしなければならないということはバージョンアップ毎に作成されるバグ修正ファイルだけを（向こう10年に渡り使いたいと思い作成したサイト）にそのまま適用することは不可能で、バージョンが更新される度にその都度、eccubeをダウンロード、インストールし、新たにカスタマイズファイルを作成という作業を繰り返さなれればいけないということですよね。

またDB,PHP,MySQLの件も合わせて考慮しなければならないということですね。

nanasess様、
すみませんが、下記は具体的にどういことになるのでしょうか。
“必要な機能のみカスタマイズしています。”