wgworks様

> また地区別の送料の設定は、どのように設定すればよいでしょうか？

基本情報管理＞配送方法設定の「配送料登録」欄とは別に
登録したいということでしょうか？

> 各商品情報に、送料の設定ができますが、
> 上記の条件とは関係なく送料が加算されるのでしょうか？

送料無料条件を満たせば、個別の商品で加算されている送料も
無料になるかと思います。

送料無料チェックはSC_CartSession.phpのisDelivFreeで行っています。
その処理の中で、全商品の合計をとってきている部分を
商品ごとに金額を計算して、セール商品だけ計算から除外すること
で実現できるかと思います。

※EC-CUBEのバージョン情報等の環境情報の記載がなかったので
上記の記述はEC-CUBE2.13.2を確認して記載しました。