管理画面→オーナーズストア管理→モジュール管理の一覧に表示される、決済モジュールの設定画面で、設定を実行したタイミングで、 /user_data/paypal_recv.php が上書きされます。

手順は問題ありませんので、決済モジュールの設定を再設定した場合は、バックアップから戻す等の対応をすれば問題ありません。

ただし、あくまでも自己責任ということで。。
ご自身での対応が難しいようでしたら、対応可能な業者などに依頼した方が良いと思います。