tsuji様

ご返答ありがとうございます！

ご指導いただいた方法で試したところ、思ったとおりの表示が出来ました!

しかし、やはりjsがうまく動作せず、登録はできませんでした。
検証したところ、
site_main.tplのほうで</body>の直前に読み込んでいたjqueryとの相性が悪いようでした。
（popup_footer.tplではこれらのjsを読み込んでいないので問題なく動作していたようで、試しにそちらでも読み込んでみたところ、
登録できなくなったので、それが原因かと思います…）

bootstrapを入れている関係で、どうしてもそちらのjqueryは削れず、
私の知識ではjsの問題を解決できそうにないため、
諦めるしかないかな…と思っています…

ご教示いただいた方法で、ポップアップ画面のものにヘッダーやサイドコラム、レイアウトをつけることはできました！
本当にありがとうございます。
もっとphpやjsについて知識を得てから、調整していこうと思います。