オーダー番号をユニークなものにするために、強引にmdl_epsilon/card.phpを書き換えてみました。

'order_number' => $arrData["order_id"], // オーダー番号

を以下に変更する

'order_number' => $arrData["order_id"]. date("YmdHis"), // オーダー番号

これでうまくいくかと思いきや、カード番号入力後に自サイトには戻ってこなくなりました。
そこで、イプシロン側の戻り先ＵＲＬを
load_payment_module.phpからcomplete.phpに変更。

自分でテスト購入良好。
お客様も購入できております。

問題は、トランザクションIDなどの情報がEC-CUBE側の受注データに入らなくなった点ですが、これはいままでもイプシロン側の管理画面で購入者の氏名で確認していたので私の運営状況では問題ありません。

かなり強引ですが、解決できたような気がします。
一応結果報告まで。