手元に環境がありませんので短文にて失礼しますが、
/data/class/GC_Sendmail.php の送信部分で mb_send_mail() へ渡している内容をダンプしてみて内容の差を確認してみるか、
パケットキャプチャを行えるソフトを使用してメールサーバーとの通信内容を確認してみては如何でしょうか？

尚、完全に自己責任（サポート対象外）となりますが、外部ExchangeサーバとLOGIN認証付きでPEARのMailを使用してメール送信を行うスクリプト一式がこちらにありますので、これをベースにしてみる手もあるかと思います。