ご質問に回答させていただきます。

引用：

ご質問の内容ですが、現状ですとご指摘の通り、
トップからのログインの際、ID/PWは、平文で送信されてしまいます。

取り急ぎの対応としましては、ログインフォームの宛先部分を
以下のように変更していただくことで、対策していただくことが
できるかと思います。

【修正前】
<form name="login_form" id="login_form" method="post" action="/frontparts/login_check.php" onsubmit="return fnCheckLogin('login_form')">

【修正後】
<form name="login_form" id="login_form" method="post" action="https://<サイトドメイン>/frontparts/login_check.php" onsubmit="return fnCheckLogin('login_form')">

EC-CUBEの次期バージョンにて、修正対応させていただければと
思います。

ご指摘いただきどうもありがとうございました。