バージョン：2.11.1

不具合と呼ぶのかが分かりませんので、一応報告まで。

注文受付メールのテンプレートの切り分け処理がユーザーエージェントで判別されています。

/data/class/helper/SC_Helper_Purchase.php

function sendOrderMail($orderId) {
$mailHelper = new SC_Helper_Mail_Ex();
$mailHelper->sfSendOrderMail($orderId,SC_MobileUserAgent_Ex::isMobile() ? 2 : 1);
}

今のEC-CUBEの動きだと、
PCで登録したユーザーがモバイルでも注文でき、
かつ、モバイルアドレスを登録しないでも購入できる仕様なので、
このケースを考えると、ユーザーエージェントでの判別では無く、
メールを飛ばすアドレスでモバイルアドレスか否かを判別して、
テンプレートを切り分けるのが正しい気がしますが、如何でしょうか？

どなたか、ご確認・ご検討、宜しくお願い致します。