似た現象の人いませんか？

管理画面からテンプレートの内容を変更した場合

１）/app/template/default/***.twig 変更が反映された
２）/app/cache/twig/default/***.php 変更が反映されない
３）/src/Eccube/Resource/template/default/***.twig 変更が反映されない←このキャッシュファイルが更新されればOK

キャッシュファイル「２）」を削除して管理画面から更新すると反映される。

つまり、キャッシュファイルの上書きができていない。ぱーみっしょん（７７７）、オーナー、グループ、などゆるゆるにしても上書きできない。
キャッシュファイルを削除すれば新規に生成されるので変更も反映される。

以下に報告されているようです。

https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/531