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[EC-CUBE]　2.4.1
[レンタルサーバ]　シックスコア
[OS] Linux
[PHP] PHP5.1.6（セキュリティパッチ適応済み）
[データベース] MySQL 5.0.x
[WEBサーバ] apache2.2.3
[ブラウザ] Firefox3.5.5
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いつもお世話になっております。
今回のトラブルは、注文確認メールや問い合わせメールの件名に空白が挿入される件です。
当方では、メールをサーバーからGmailに「サーバーに残す」ようにして一旦飛ばし、メーラーではGmailのメールを、使用している顧客管理システムではサーバーからそのままメールを取り込んでいます。
そのためメールを確認しようと考えましたら、サーバーのWEBメール・Gmail・メーラー・顧客管理システムで確認可能な状況です。

このうち、WEBメール・Gmail・メーラーでは異常なく受信できるのですが、顧客管理システムでメールを受信すると
「【ショップ名】ご注文確認メール（自動配信）」
の“確”と“認”の間に半角スペースが2つ入るうえに、タイトルの後に
bases: 20100220 #3592757, check:20100220 clean
と入ります。
MIMEでメール件名が長いと改行されるというような仕様があると知り、そのようなトラブルがあると調べそれに該当するようでしたので、【ショップ名】を削除し、
「ご注文確認メール（自動配信）」
としましたが、bases:以降がつきます。
これによりメールを顧客管理システムに取り込む事ができず、フィルタリングできません。
どなたか、お分かりになる方おられませんでしょうか？
よろしくお願い致します。

>このうち、WEBメール・Gmail・メーラーでは異常なく受信できるのですが、顧客管理システムでメールを受信すると
>「【ショップ名】ご注文確認メール（自動配信）」
>の“確”と“認”の間に半角スペースが2つ入るうえに、タイトルの後に
>bases: 20100220 #3592757, check:20100220 clean
>と入ります。

メーラでは正常に受信できていることから、
ヘッダとか、メールの構造とかその辺が顧客管理システム(?)のほうが対応して無い構造なのではと考えます。

顧客管理システム(?)に正常に表示されるメールと問題のメールの
生のメールデータを比較・確認することができれば何か判るかもしれません。

憶測なので的外れであれば申し訳ありません。。。

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+ DAISY inc. -------------------- +
EC-CUBE構築・カスタマイズサービス
EC・WEB構築などお気軽にご相談ください。

デイジー株式会社
http://daisy.link/

スペースの問題につきましては、harutom 様の認識の通りだと思います。

付加される文字列につきましては、後続のヘッダー情報の分析に失敗しているか、変数汚染のような動作ですね。

利用している EC-CUBE (PHP?) か、メールサーバが、その不具合を誘発する状況なのかなと推測します。

たとえば、「メーラー」で受信したメールを、そのまま転送(タイトルに Fw: などが付かない転送)したものを、顧客管理システムで読み込ませるとどうですか?

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Seasoft
こちらでの投稿は、アイディア程度に留めさせていただいております。
個別案件の作業は有償で承っております。お気軽にご相談ください。

DELIGHT様、seasoft様、いつも有難う御座います！
メールのヘッダ情報を良く見回して、base以降はサーバーのメールウィルスチェックの番号や日付などの情報と言う事が判明しました。
seasoft様のご提案の転送をしてみましたら、レンタルサーバー抜きで送る事が出来た為、base以降がつかなかったので、確実です。
それでも取り込みが出来なかったのはなぞですが・・・。
でもEC-CUBEが原因でなかった事だけでも良かったです。
顧客管理システムのメーカーに問い合わせておりますので、回答を待ちます。
誠に有難う御座いました。