> > 詳しいIPアドレスが書かれたログですが、
> > var/log/prod/site-yyyy-mm-dd.log に下記の様に記載されています。

> 確認しましたところ、var/log/prod/ には
> admin-yyyy-mm-dd.log（最新は今日の日付） と
> front-yyyy-mm-dd.log（最新は10/17）しかございませんでした。
> site～というlogがないのは、おかしいのでしょうか？

EC-CUBE初期インストール状態であれば、一般的には「var/log/prod/site-yyyy-mm-dd.log」も保存されると思います。
とりあえず、「front-yyyy-mm-dd.log」はフロント画面を表示した時のログなのでそちらのログにもIPアドレスは記載されているはずです。

> > または、WebサーバがApacheの場合は
> > /var/log/httpd/access_logや/var/log/httpd/ssl_access_logなどにアクセスログとしてIPアドレスやアクセス先が記載されていると思います。

> /var/log の中には、installというフォルダとprodというフォルダしかございませんでした。

サーバ側のアクセスログになりますので、EC-CUBEフォルダの中にはありません。

さくらインターネットにて検索しましたが、下記を参考にしてください。
https://help.sakura.ad.jp/rs/2228/?article_anchor=js-nav-2


そして、アクセスログからIPアドレスについてだけ焦点が当たっているコメントが続いていますが、

> 2.取引状況のご確認
> 上記取引で実行された注文がある場合、チャージバック（第三者のカード不正利用を利用とする売上取消）となる可能性が高いため、取引の取消、商品発送中止等ご対応ください。
> 3.該当会員IDの削除

は、調べられる・対応できると思いますので、いつから発生していたかは解りませんが対応を急いだほうが良いと思いますよ。