ありがとうございます。
確かに/app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/は空っぽだったのでバックアップファイルの中からProduct.phpをアップしましたところ
Warning: include(/home/XXXXX/www/XXXXX/vendor/composer/../../app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Category.php): failed to open stream: No such file or directory in /home/XXXXX/www/XXXXX/vendor/composer/ClassLoader.php on line 444

Warning: include(): Failed opening '/home/XXXXX/www/XXXXX/composer/../../app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Category.php' for inclusion (include_path='.:/usr/local/php/7.4/lib/php') in /home/XXXXX/www/XXXXX/composer/ClassLoader.php on line 444

！システムエラーが発生しました
大変お手数ですが、システム管理者までご連絡ください。
ログイン画面へ
という表示に変わりました。

とりあえずログインできるようになり、サイトは元に戻った様に見えます。

しかし、エラーが出た時にパニクって有効化−設定の段階で表示された

以下の6ファイルが変更されています。
.htaccess
src/Eccube/Controller/Admin/Content/FileController.php
src/Eccube/Controller/Admin/Setting/Shop/PaymentController.php
src/Eccube/Form/Type/Admin/ProductType.php
src/Eccube/Resource/template/admin/Order/mail_confirm.twig
src/Eccube/Resource/template/admin/Setting/Shop/payment_edit.twig

をバックアップしていた旧ファイルで上書きすれば治るかと思い、新しい方のファイルをバックアップ取らずに上書きしてしまいました。
なにか問題が生じるでしょうか？
新しい方のファイル
src/Eccube/Controller/Admin/Content/FileController.php
src/Eccube/Controller/Admin/Setting/Shop/PaymentController.php
src/Eccube/Form/Type/Admin/ProductType.php
src/Eccube/Resource/template/admin/Order/mail_confirm.twig
src/Eccube/Resource/template/admin/Setting/Shop/payment_edit.twig
はどこかで手に入りますでしょうか？