mcontactさんは書きました：
> 引き続き調査を行いますが、同じ仕様でも発送処理を行った際に更新データとして受注データが取得できる場合とそうではない場合の挙動の差異に関して何かわかることがあればご教示いただけますと幸いです。

御社が独自に開発したプラグインとの事ですので、オープンソースでのプラグイン公開等がない限りは、誰もプラグインの利用や内容を存じないので、プラグインのコードで解る事はないと思います。
受注データのデータベースの内容とプラグインから出てくるデータを見比べれば、プラグインに不具合があるのかはわかるのではないでしょうか？
それ以外は、実環境等を見ないと分かりませんのでEC-CUBEインテグレートパートナーなどにご相談する事をオススメ致します。