顧客情報を統一して注文履歴を引き継ぐにはどうすればよろしいでしょうか。

標準機能やプラグインでは不可なので、整合性を担保しつつデータメンテナンスを実施する必要があります。

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EC-CUBE 《プラチナ》ランクパートナー
トエビス株式会社　田中 宏典
EC-CUBEの機能やデザインのカスタマイズ承ります。

引用：


他システムなどで運用している顧客情報をEC-CUBEに
統一し、受注データも移行するという意味合いでしょうか。

その場合ですが、ざっくりとした手順になりますが
EC-CUBEの顧客テーブル、受注テーブル、商品テーブル等を参照し、
データ項目や整合性を確認の上、データ移行用のバッチプログラムなどを用意するのが
よいかと思います。