phpMyAdminでの参考意見となりますが、画面を開き、dtb_category
を選択後に表示タブを選んで変更したいcategory_idの欄の鉛筆マークをクリックし、直接category_idを書き換えていくのが簡単です。

その際に注意すべき事は、末尾から変更することをお勧めします。
開始番号（１）から始めると既存で登録されているcategory_idと重複する恐れがあるからです。

まぁ、最もな安全策として普段私が行っていることですがEC-CUBEインストール時にＤＢでカテゴリを最初から空にしておく事です。
そうすれば一番最初のカテゴリ登録から順に番号が振られますので…。

あと、現状でカテゴリの登録数が少ないようでしたら今の時点でＤＢないのdtb_categoryを空にして頂き、カテゴリの登録をし直す方法も有かと思います。
その際、カテゴリ登録後に既に商品登録にてカテゴリを振り分けているものに関してはカテゴリナンバーが変わっているので商品登録画面にてカテゴリの編集を行うことも忘れずに行って下さい。

その他、ＤＢを操作するに当たって心配な場合はカスタマイズ可能な業者さんや詳しい方にお願いすることをお勧めします。
失敗したりすると余計手間が掛かりますので…

解決にになるかわかりませんが、参考までにどうぞ。