>決済モジュールで「新規受付」が指定されていたような気がします。もしかしたら、支払い方法によって違いがあったかもしれません。
コンビニ決済のみ、入金待ちにデフォルトで入るようです。
銀行振り込みとクレジット決済は新規受付でした。

問題になった例がないとはいえ、危険かなとは自分も感じているところですので、
あまり弄らないことにしようと思います（今のところ思いついた手段は全て駄目でしたし）
どうしても必要になった場合にはお勧め頂いた通りカスタマイズを依頼してみようと思います。
ご助言頂きまことにありがとうございました。