お返事ありがとうございます。

結局よくわからないまま翌日からは特に問題も無く作業が出来ました。

気が付いたことがあるのですが、ヘッダーフッターを管理画面から編集したのち、header.tpl、footer.tplが/html/user_data/packages/default(テンプレート名）/*tplに作られていた事です。

同じく管理画面で新規ブロック「＊＊」を作った場合、＊＊.tplがhtml/user_data/packagea/default(テンプレート名）/bloc/'に作られています。

これを確認してからは特にはじめに質問をしたような事項は気にならず作業は出来るようになったのですが・・・。なるべく管理画面から行える作業は管理画面から行うようにしたいと思います。

最初の質問については今のところ問題なく作業が出来ています。
ありがとうございました。