ちょっと細かい状況が読み取れなかったのですが、一般論的な感じとして

＞規格のある商品の場合『商品ID』『規格ID』『規格1』『規格2』を空にすると、
＞同一商品として扱いたいのに別の商品として登録されてしまいます。

同一商品として扱いたい場合、つまり上書きしたい場合ですよね？
この場合「商品ID、規格ID」は常にセットしないと規格商品単一の特定が出来ないので、自動的に別商品として新番号が割り当てられますね。
規格がある商品において商品IDだけセットして、規格IDをセットしない場合は、自動的に商品IDも新番号を選択すると思います。


＞だからといって『商品ID』や『規格ID』を指定するとエラーになります。

これのエラーの内容が不明なのですが、どのような組み合わせで、どういうエラーになるのでしょうか？
前述の通り上書きの場合は「商品ID」と「規格ID」はセットで指定しないとダメだと思いますが、それでうまく行かないんですかね？
当方の手元では普通に両方を指定した場合は上書き出来ています。

>ひとつの商品に対して規格数がとても多く、規格の組み合わせによっては規格登録のフォームが数百行にもなり、ブラウザがまともに動かなくなります。

蛇足の根本論になりますが、こうなる場合は規格と商品の位置づけを見直したほうが良いとは思います

一概には言えませんが
例えばオーダーメイド的な靴屋で靴Aという商品がある例を考えた場合、サイズ指定が21cm〜30cmまで1cm刻みに出来て、さらに色が10色選べたりする規格を設定しようとすると１００パターンになります。
そこで「靴Aの赤」「靴Aの白」という風に色別の商品を登録して、サイズだけ規格指定させる、とかにするとシステムにもユーザにも優しくなるんじゃないでしょうか？もっと良いのは、小さい靴（20〜23cm）、普通サイズ(23〜27cm）、大きい靴（28〜30cm）とかでカテゴリまで分けて商品も「靴Aの赤で大きいサイズ」という感じで分けるとかですね。
つまり、ブラウザがまともに開かなくなるような組み合わせになる場合は商品構成の工夫で解決を考えた方が良いとは思います。

※実際規格の組み合わせが数百になるパターンは、テストデータでしか経験無いので、そういう場合に顕在化する不具合があるのかもしれませんが・・・・一般論として

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