自分で考えた限りでは、
data\class\pages\contact\LC_Page_Contact.phpに
受付番号を読み込ませるような記述をして
data\Smarty\templates\default\mail_templates\contact_mail.tplに
<!--{$arrForm.contact_id}-->を記述しておけば出来るのかな？とは思いましたが
なにぶん、PHPにあまり詳しくないので正直よくわからないのが現状です。