サイトでテンプレートを販売していますので、
何度もテンプレートを取っ替え引っ替えしています。
このような症状はあまり聞いたことがありませんねぇ･･･(^^;
ん〜･･･

テンプレートの内容は余すことなく、
新しいテンプレート名のフォルダ内に
defaultと同様のフォルダに同じファイル名で保存してありますか？
ご存じだとは思いますが、テンプレートを変更すれば、全ての画像という画像、CSSというCSS、そのテンプレートのフォルダ内の物が反映されますから、省くことはお勧めできません。

それも問題ないと言うことであれば、やはりパーミッションを設定し直すことも必要かもしれません。
以前、パーミッションを軽んじていたとき、
管理画面でのブロック編集が反映されなかったり、多少の問題が発生しましたが、パーミッションを見直した後に問題は全て解決しました。

あくまでも、私のはデザイナー的な返答なので、違う観点からの返答があれば、興味深く思います。

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