こんばんは。

確かEC CUBEに出荷作業者（仕入先）の考え方はなかったと
思います。
仕入企業者情報（テーブル）を追加して商品マスタに仕入先業者
を紐付け仕入先業者情報に担当者メールアドレスを用意します。
注文完了時のSC_Helper_MailのsfSendOrderMailで現在顧客と
管理者にメールを送っていますがそこで同様に商品に紐づいた
仕入企業者へメールを送るというのはかがでしょうか？

その他の個所もその応用でいけると思います。
ただし注文完了時に沢山メールを送ると1つの注文が完了するのに
時間がかかって今うので注意したほうが良いと思います。

この内容が的外れでなければ良いですが...。