$arrData['total']に置き換えると10,500円以上でも手数料が無料にならなくなりましたので、
$total_pretax をそのまま活かすために、計算して、総合計としておけば合計に判断すると思い、下記の通りに修正しました。

// 購入金額の取得
$total_pretax = $objCartSess->getAllProductsTotal($arrInfo)
の下に

$this->$total_pretax -= $arrData['discount'];

を入れて合計判断できるようにしました。
以上です。