遭遇したことがないので、あくまで参考意見ということで。

・FTPでアップロードする際にアスキーモードを使用すると、
こういうことが起こりうるかもと思いました。
FTPソフトウェアを使っておられますか？
どんなソフトウェアでどのようにアップロードされていますか？

・解凍に失敗するとこういうことが起こりうるかもと思いました。
解凍ソフトウェアは何を利用されていますか？

・アップロードを行う前の状態（ローカルPCなど）で、
画像ファイルの化けは起こっていますか？