えーっと, ちょっと情報を整理しなくてはいけないかも...

引用：

SMTP AUTH をサポート後であれば, MAIL_BACKEND=smtp にしても問題ないかなと思います.

引用：

「WebMatrix を改善」は, 何を指されていますでしょうか?
WebMatrix のインストール時には, アプリケーション側のパラメータ変更しかできません...

引用：

WebMatrix は php.ini の編集ができないんです...
WebMatrix 版の EC-CUBE をインストール(アーカイブをダウンロード, 展開し, CREATE DATABASE するのみです)後, EC-CUBE のインストーラで SMTP AUTH の情報をユーザーに入力させれば, 万事解決だと思ったんですけどね^^;
認識合ってますでしょうか??

これなら, MAIL_BACKEND=smtp が初期値であっても, どのような環境にでも対応できるかと.
Outbound port25 blocking な環境に EC-CUBE をインストールした場合など, MAIL_BACKEND=mail だと php.ini の編集が必要ですよね?