インストールできました。
どれが理由かは分かりませんが、
一度マイドメインサーバー、及びfilesの中身を全て削除、真っ白にし、ソフト(Ver2.11.5）も再ダウンロード。
その後、ファイルのアップロードは一気に行わず少しずつ。
そして下記サイト内で一致する項目のみ修正
http://2since2006.seesaa.net/article/248856322.html

以上でインストールができました。
お騒がせ致しました。そしてありがとうございます。