ログイン出来ないmtb_constants.phpとmtb_constants_init.phpの差分を確認すると、
ログイン出来ない原因の(誤)設定が見つかるかもしれません。

mtb_constants_init.phpは、誤設定した場合でも、
mtb_constants.phpを削除することで、
eccubeの初期設定で動かす為のものです。
『誤設定かも知れない値』で変更するものではありません。

p.s.
eccube-2.4.3の時から2web(dnz, intranet)、1db(intranet)で動かしています。

開発環境にてdnsのcnameにて2.12.1を複製して動作確認をしていますが現象の再現に至っていません。

故、誤設定かなと、、、。