CSSが反映されない状況、わたしも同じです。
現在解決策を模索しています。

ブロック要素のレイアウトの件は、以下のサイトが参考になるかと思います。
http://www.eccube-school.jp/products/detail47.html
おそらく、適用したテンプレートファイルのupdate_bloc.sqlにはデフォルトのinsert文が記載されているはずです。よって、テンプレートを適用するとデフォルトのブロック要素レイアウトになってしまいます。

テンプレートを適用する前に、dtb_blocpositionテーブルの中身をバックアップしておくのが無難でしょうね。テンプレート適用後にバックアップしてたテーブルデータを上書きすれば以前のブロック要素レイアウトになるかと思います。