思い通りの表示ができた様でよかったです。

?$arrRelativeCat[r][s]と?$arrRelativeCat[0][0]の違いについて簡単にお答えします。

?は<!--{section name=r loop=$arrRelativeCat}-->の様に、配列をループ処理させています。
子カテゴリの数が動的に増減するため、この様な処理を行っています。
Smartyの記述については、以下のURLが参考になるでしょう。
http://www.smarty.net/docsv2/ja/language.function.section.tpl

?は、$arrRelativeCatという連想配列の中にある、最初の配列の１番目に格納されているTOPカテゴリのidを直接指定して取り出した形になります。

以下をtplの適当な所に入れると$arrRelativeCatの中身を表示する事ができます。
<!--{$arrRelativeCat|@debug_print_var}-->
こちらはPHPでいうvar_dumpの様なものです。tplのカスタマイズをする際には、かなり使えます。（既にご存知でしたらすみません）