ご記載のURLも確認いたしましたが
データベースのデッドロックというものは
サーバーの環境が原因で発生するとは限りません。

念の為データベース「eccube_db」の負荷状況などを確認しましたが
データベースが設定されてから現在まで、
強制的にプロセスが強制されたという履歴はございませんでした。


本件は「eccube_db」へデータを書き込む際に
Aというプロセスがあるテーブルにデータを書き込んでいる際に
Bというプロセスからも同じテーブルにデータを書き込む試行を行い、
Aから書き込み中であるためにBからは書き込めない、
などのケースで発生するエラーでございます。

何らかのカスタマイズを行われている場合等は
管理画面で発生しているプロセスの実行順、頻度、
発生する書き込み容量等をご確認いただきまして
デッドロックが発生する原因を調査していただくという形となります。