一つ一つ確認していくのであれば、以下の箇所を確認されると何か見つかるかもしれません。

・zipからDBへの読み込み
　data/class/pages/admin/basis/LC_Page_Admin_Basis_ZipInstall.php
DBへの登録はinsertMtbZipメソッド内になります。
今回はDBには登録されているということで薄いところです。

・入力値を元にDBに問い合わせ
data/Smarty/templates/admin/basis/index.tpl
で入力値を読み込み、javascriptを通して以下のphpで処理されています。
data/class/pages/LC_Page_InputZip.php
もっと突っ込むと、
SC_Utils::sfGetAddress($zipcode)
です。
ここのクエリ文の戻り値や入力値を検証されてはいかがでしょう？

それでもおかしいようでしたら、上記で使われているクエリ文を、
DBコマンドで手打ちして検証するのも良いかもしれません。
この辺りでは、文字コード等にも気を使うべきです。

よろしくお願いします。