追記です。
ver.2.0.1 の商品管理の [商品登録CSV] の項目数も同じく57項目でした。

CSV での商品登録は管理画面の [商品登録CSV] から登録しようとされているのでしょうか？
それともデータベースに直接インポートしようとされているのでしょうか。

いずれにしても項目数と項目の並び順は揃えておく必要があるかと思います。

私が CSV で商品登録した方法は、
エクセルなどでカンマ区切りで CSV ファイルとして保存した後、
CHGFLD というソフトで CSV ファイルを読み込みすべてのカラムを "" で囲んで出力し、
管理画面の [商品登録CSV] でそれを読み込ませて登録しました。

CHGFLD は、CSVファイル変換ソフトで vector でダウンロードできます。

2000点くらいの商品でも CSV で読み込ませれば画像の登録も含めてあっという間に
終わりますのでうまく出来るとよいですね。